Tidigt ett föremål för åhörares kärlek och förtroende, blev han ock snart med misstänksamma blickar följd och bevakad av sina förmän och andra präster i Stockholm. Redan 1748, således samma år han blivit prästvigd, skall han hava predikat med sådant allvar, nit och eftertryck, att man började söka sak med honom. Utan tvivel har han varit mindre försiktig i sina uttryck såsom folktalare och således såsom yngling uppväckt emot sig en storm, som fortsatte sina skakningar hela hans liv igenom. Ända från begynnelsen tillgiven läran om den fria nåden i Kristus, den han alltjämt vidhöll och förfäktade, gav han vederbörande en kär anledning att bestraffa hans predikosätt, och följden därav blev ett formligt förbud för honom att predika. Detta förbud var likväl återkallat redan år 1750, då han på S:t Mattie dag i Storkyrkan i Stockholm hållit en predikan om "Den stora gudaktighetens hemlighet, att Gud är uppenbar vorden köttet", för vilken han blev ställd under stadskonsistorii tilltal. [Fotnot: Ärkebiskop Henrik Benzelius hade enligt utdrag av stadskonsistorii protokoll för den 12 september 1748 redan förut straffat Rutström för det han endast "per momentana" (i huvudpunkter) avfattat sina predikningar, och varnat honom "i synnerhet för att vänja sig att bliva en Extemporaneus (som predikar utan koncept)". Till hans vedersakare "minorum gentium" (av ringare folk) höra kyrkoherden D:r Hanswolff, kyrkoherden magister Tillaeus och kyrkoherde Forsskål, vilken beskärmat sig däröver såsom något högst anstötligt, att Rutström önskar "det alla, både höga och låga, måtte bliva syndare."]
Sedan flera muntliga förhör med anledning därav blivit med honom anställda, och han försvarat sig tappert, blev denna predikan förklarad för renlärig, av trycket utgiven och med mycket bifall studerad av tidens mera tänkande och allvarligt sinnade människor. Åtskilliga av rikets Råd blevo därav så intagna, att de med synnerlig kärlek omfattade och erbjödo sitt beskydd åt författaren, som också kort tid därefter såg sig befordrad till en fångpredikantsyssla i huvudstaden. Man måste även vara särdeles intagen emot predikantens person och verksamhet, för att i denna predikan kunna vädra något kätteri. Den är i äkta biblisk anda författad och alldeles överensstämmande med lutherska lärosystemet. För att kunna grundligen övertyga den anklagade om villfarande lära, hade de andliga fäderna låtit instämma fem präster såsom vittnen mot honom, men av alla dessa var det blott en, som funnit den överklagade predikan anstötlig, nämligen den vrångvise Pehr Stenbeck (densamme, som sedermera förordnades till konsistorii-fullmäktig i rutströmska religionsprocessen), vilken jämte prästmannen Olins hustru Eva Beata Törngren isynnerhet låtit bruka sig såsom redskap till den rättfärdige mannens fällande. Detta lyckades dock icke den gången; ty ehuru listiga frågor vederbörande för honom framkastat, och ehuru stadskonsistorium enligt protokollen tydligen synes hava på förhand ansett Rutström såsom villfarande i läran, bevisar han dock renlärigheten av de antastade uttrycken både i den Heliga Skrift och de symboliska böckerna med det ljus och eftertryck, att hans fiender uppenbarligen komma på skam. Långt ifrån att återtaga ett enda ord av vad han sagt eller på fädernas flera gånger förnyade föreställningar vilja medgiva, att han felat i sitt föredrag, gick han ur striden med den mest lysande seger.
Knappt hade likväl en månad förflutit, förrän han åter blev inkallad för konsistorium att göra reda för en predikan på Adertonde söndagen efter Trefaldighet över "fienderna, som till Jesu fotapall lagda varda." Nu hade man anställt ett annat fruntimmer, spannmålshandlaren Haggrens hustru Christina Lundgren, att jämte besagda fru Olin uppträda med allehanda arga beskyllningar och vrängda framställningar av Rutströms extemporerade föredrag, vilka dock av andra vittnen, nio till antalet och fullt trovärdiga manspersoner, fullkomligen vederlades. Strax därpå eller för predikan på Nittionde söndagen efter Trefaldighet, förmådde man stadsfiskalen att begära stämning å Rutström, som då icke ens fick tillgodonjuta den rättegångsförmånen att ingiva sin skriftliga förklaring, såsom han begärt, utan blev han av konsistorium dömd alldeles ohörd och från prästembetet våldsamligen suspenderad. Detta oformliga domslut överklagade Rutström inför Svea hovrätt, som hänsköt målet till ny rannsakning av konsistorium. Vederbörande hade emellertid anskaffat flera vittnen emot honom, vilka togo på sin ed, att han i sin predikan begagnat flera ordasätt av förgriplig natur. Ordasätten voro dock, till konsistorii synnerliga förtret, att igenfinna i Dr Luthers egna skrifter, ur vilka Rutström dem framlade med vördsam förfrågan om "sådan auktoritet vore god och nöjaktig?" Suspensionen måste således upphävas och Rutström för tredje gången förklaras för renlärig. Emellertid tog sig konsistorium härav anledning att om Rutström i protokollet anteckna, att han erhållit första varningsgraden.
Vad denna anteckning skulle betyda, visade sig året därpå eller 1752, då konsistorium, efter att icke hava kunnat fälla Rutström för hans predikningar, sökte sak med honom för enl iten av trycket utgiven anonym skrift, benämnd "Brevväxling emellan Tomas, Nikodemus och Christophilus", vartill ryktet förmälte att Rutström skulle vara författare. Genast blev han kallad inför konsistorium, som ville avtvinga honom bekännelse, att han författat denna skrift, vilken man ansåg för ett "öppet manifest mot den rena evangeliska läran". Rutström var dock alltför slug att erkänna för sitt ett så illa ansett foster, och konsistorium måste således även nu släppa sitt rov ur händerna. På de högvördigas anstiftan blev likväl samma mål upptaget av justitiekanslern, som ställde Rutström under fiskaliskt tilltal inför stadens kämnärsrätt, där han, oaktat alla protester och fastän ingen bevisning kunde åstadkommas att han vore "brevväxlingens" författare, likväl dömdes skyldig därtill. På konsistorii då förnyade kallelse att stå till ansvar för de villfarelser skriften skulle innehålla, inställde han sig icke på grund därav, att han hos hovrätten anfört besvär över kämnärsrättens utslag. Icke desto mindre resolverade konsistorium, att Rutström såsom författare till en kättersk bok skulle "från alla ämbetsförrättningar suspenderas och målet med alla dess omständigheter, såsom ett religionsmål, till kungliga hovrätten refereras".
Då Rutström över denna resolution likaledes besvärade sig, fann hovrätten väl, att han "icke kunde till saken bindas", men stadfästade dock den honom av konsistorium ådömda suspensionen, åläggande Rutström värjemålsed i avseende på det förmenta författarskapet till brevväxlingen. Bäggedera upphävdes väl av konungen, vars beskydd den förföljde mannen genom klagomål påkallat; men, hette det i det nådiga utslaget, "av konsistorium bör Hr S. M. Adjunkten undfå en skälig åtvarning och saken emellertid så öppen, ifall han med vidare ovarsamhet skulle beträdas". I överensstämmelse härmed blev Rutström av konsistorium förekallad och åtvarnad, varigenom uppstod andra varningsgraden. Tredje gången en sådan faderlig varning yppade sig, kunde man sålunda göra processen kort och avsätta kättaren. Den ådömda suspensionen blev emellertid upphäven och Rutström åter insatt i utövning av sin fångpredikantsyssla; men adjunkturen vid Storkyrkan, som han även förut innehaft, vart honom av konsistorium förmenad, till dess konungen befallt konsistorium, det Rutström skulle "njuta dess höga utslag till godo och få tillträda de prästsysslor, som honom tillförne uppdragna varit".
Efter dessa i fyra år oavbrutet fortsatta konsistoriella förföljelser synes Rutström hava blivit under loppet av andra fyra år lämnad i fred. En upprättelse för lidna oförrätter av sällspord natur lämnades honom vid riksdagen 1756, då, med anledning av vad rådsprotokollerna innehöllo angående hans suspension, detta mål blev upptaget av den så kallade justitiedeputationen, vilken fann det vara av den "ömmaste" beskaffenhet och efter en noga rannsakning av skälen mot och med stannade i det beslut att genom ett betänkande till samtliga stånden föreslå "en satisfaktion åt Rutström för hans utståndna oförskyllda och kännbara lidanden". Då kom stadskonsistorium åter i rörelse och ingick med en remonstration till prästeståndet, vilket meddelade denna med de andra stånden. Däremot insinuerade Rutström ett memorial, huruledes han blivit falskeligen anklagad och genom konsistorii förvållande kommit att lida varjehanda förtryck m.m. Striden inom de respektive stånden blev nu så mycket häftigare, som den politiska partiandan blandade sig häruti. Rutström hörde nämligen till Hattarna och fick därför alla Mössor emot sig. Det förra partiet blev dock segrande, deputationens betänkande av rikets ständers pluralitet antaget, och Rutström icke blott förklarad oskyldig, utan även de tvenne såkallade varningsgraderna, som regeringen förklarat såsom kvarstående, till all kraft och verkan upphävda. Rutströmska processen var således fullkomligen avslutad, och ingen av de överklagade punkterna kunde numera på något sätt återupptagas till laga undersökning eller anvarspåstående emot Rutström.
Denna vackra upprättelse stegrade emellertid fiendernas hat ända till raseri, och de sökte blott nya tillfällen att angripa den stridslustige mannen, som alltjämt arbetade oförtrutet i församlingen och uppträdde predikande med stort tillopp i åtskilliga av huvudstadens kyrkor. En gång anmodades han av riksrådet baron Palmstjerna att under dennes sjukdomstillstånd tjänstgöra såsom dess huspredikant. Det var på Palmsöndagen år 1757. Hans ämne blev således "den heliga nattvarden till dess innehåll, värde och bruk", framställt i frågor och svar med varjehanda tillämpningar på olika slags människor ävensom åtskilliga, visst icke betänkliga, betraktelser över bikt och absolution (Se pred n:o 9). Tryckt på Palmstjernas förlag blev denna predikan ett föremål för konsistorii strängaste granskning, sedan författaren först måst underkasta sig ett muntligt förhör efter ett av honom inlämnat memorialkoncept. Än fann man honom "inklinera till kalvinismum", än till "herrnhutianismum", än till "den katolska villfarelsen". Underligt nog hade justitiekanslern varit tillstädes vid förhöret och icke funnit någon villfarelse, varken i själva predikan, icke heller i författarens däröver avgivna förklaring. Han avgav således sin underdåniga berättelse till konungen om hela förloppet, och kort därefter erhöll Rutström nådig fullmakt på den av honom sökta kyrkoherdebeställningen vid Ladugårdslands eller Hedvig Eleonora församling, vilket för de vördiga fäderna var så mycket mera hårdsmält, som en av dem såsom kättare förklarad prästman dymedelst kom att ingå som ledamot i själva stadskonsistorium.
Från denna tid uppgjordes mot Rutström ett ordentligt spionerisystem. Man beställde personer, som, förstuckna under kyrkvalvet och här och där i bänkarna, antecknade hans predikningar, ur vilka de uppsnappade och vanställde varje mera vågat och egendomligt uttryck. Hustrun till hans egen klockare, som skulle hava ägt en synnerlig färdighet i snabbskrivning, brukade på listen omkring kyrkvalvet ovanför predikstolen anteckna sådana ställen, som hon fann irrläriga. Det ena förhöret följde på det andra, och oaktat Rutström varje gång nöjaktigt redovisade för sig och lika kvickt som grundligt vederlade alla anmärkningar mot både språket och innehållet i predikningarna, så blevo dock dessa nästan en stående rubrik i konsistorii kriminalprotokoll. När intet annat ville hjälpa, företog man sig att sända dem till teologiska fakulteten i Uppsala och begära dess etänkande däröver. Med undantag av professor Elewberg befunnos fakultetens ledamöter så villiga som skyldiga att räcka sina beträngda andeliga bröder i Stockholm en hjälpsam hand till kätteriets utrotande. Med en sådan förstärkning bestormade man Svea hovrätt, för att förmå denna domstol såsom "forum judiciale" att fastställa de tvenne lärda myndigheternas förkättringsutslag. Detta förhindrades dock av den alltid vaksamme och med rättegångsformerna väl bekante Rutström, som över detta olagliga sätt att gå tillväga besvärade sig hos justitiekanslersämbetet, där besvären dock lågo oavgjorda i hela 10 månader. Emellertid inkommo till konsistorium fyra personer av Ladugårdslands församling med en ny angivelse mot Rutström, vari de påstodo, att de "med mycken sinnets förstöring, oro och förvirring" hört honom predika förskräckliga saker. Däremot ingav Rutström tvenne intyg, det ena av församlingens kyrkoråd, det andra av 70 "hederliga och till en del lärda män", vilka alla förklarade att Rutström troget, redigt och enfaldigt föredrog salighetsläran i full övrensstämmelse med den heliga Skrift och de symboliska böckerna. Detta vittnesbörd fick dock ingenting gälla inför konsistorium, som i stället för att avvakta ett vittnesförhör i kämnärsrätten, dit Rutström instämt sina belackare, för att överbevisa dem om lögnaktigheten av deras beskyllningar, överlämnade målet direkt till Svea hovrätt.
Här förfors mot honom på det mest oformliga, hårda och skamliga sätt. Allmänna åklagaren, advokatfiskal Linderstedt, och konsistoriifullmäktig, magister Wallin, gjorde icke blott gemensam sak emot honom, utan hade även tydligen med varandra rådplägat, så att de "ur samma principer (grunder) härledde sina påståenden, evad qvaestionen (frågan) måtte vara teologisk eller juridisk". Domstolen själv ådagalade mot honom mycken väld och grymhet. Han var således stundom nära att "succumbera" (duka under), men förde dock alltid sin talan lika oförskräckt och frimodigt, som övertygande och klart. Protokollen i detta mål förvara månget herrligt bidrag till den förföljda trosståndaktighetens segerrika utveckling mitt i allt det mörker och tvång, som på alla sidor tränga den. Slutligen, då "hårdheten började stiga honom över huvudet, och han överfölls med exekution hemma i huset för att utmäta hans koncepter och defensionalier", ja, då man "hotade att försäkra sig om hans person", nödgades han vända sig till konungatronen och söka beskydd mot sina höglovliga, välvisa och högvördiga förföljare. Till en början syntes nu själva majestätet dövt för hans klagan, men då en mängd av hans rättsinnade och gudfruktiga åhörare förenat sig om ett särdeles hedrande vittnesbörd över sin trogne herdes lika uppbyggliga lärosätt som fläckfria vandel och till konungen inlämnat detta jämte en böneskrift, att han måtte vid sina medborgerliga fri- och rättigheter oförkränkt bibehållen varda, bevektes omsider regeringen, och hovrätten erhöll nådig befallning, att med undersökningen hava anstånd och till kungl. m:t insända handlingarna jämte de i hovrätten förda protokollen.
Så snart detta blivit bekant, inkommer konsistorium okallad till konungen med underdåning hemställan, att saken måtte framgent med all tillbörlig allvarsamhet få hanteras, och D:r Rutström från ämbetet avsättas, till dess "slut blev i saken". Detta konsistorii tilltag oaktat, fann dock konungen för gott, att undersökningen i hovrätten skulle alldeles avstanna. Åtskilliga av rikets Råd hade även tillstyrkt, att såväl konsistorium som åklagaren och hovrätten skulle för begångna olagligheter ställas under justitiekanslerns tilltal. Därvid stannade likväl icke Rutströms fiender, som svurit hans undergång och ville göra allt för att hålla sin ed. De gingo år 1761 med besvär över konungens höga domslut till rikets ständers ännu högre myndighet och beklagade sig, att "D:r Rutström, sina angivare ohörda, blivit av kungl. m:t från vidare rannsaknings undergående befriad". Vid denna riksdag lågo Mössorna över, och beslutade således de höglovliga ständerna, sedan de båda partierna blivit hörda, och konungen inkommit med sitt nådiga utlåtande i saken, att densamma skulle "av hovrätten åter upptagas, rannsakas och dömas". Vilken triumf för stadskonsistorium, att således genom vädjande från själva konungamakten hava kunnat fortsätta sin ortodoxa förföljelseiver!
En annan allmän åklagare blev nu förordnad, och rättegången börjades åter 1762 med uppmaning åt Rutströms anklagare att skaffa fram flera vittnen. Sådana infunno sig ock med nya anteckningar, vilka, ehuru osammanhängande och varandra motsägande, togos för goda såsom bevisande, att D:r Rutström förkastat lagen, nekat bättringens nödvändighet samt vänt upp och ned på hela salighetens ordning. Häremot protesterade Rutström, bevisande ur protokollet, att några bland de avhörda vittnena, tjugu till antalet, och huvudsakligen präster och ståndspersoner, "lånt ideer av varandra, konfererat anteckningarna och endast som delatorer angivit, vad de icke själva hört", under det andra tagit på sin ed sådant, som vore i rak strid med vad de förra angivit o.s.v. För att närmare vederlägga alltsammans inlämnade Rutström nu sin predikan på Söndagen Septuagesima över "Guds godhet och stränghet", däruti han fullständigt utrett sin åsikt om lagens förhållande till evangelium, om trons till gärningarna, om nya födelsens till rättfärdiggörelsen och helgelsen (se pred n:o 6).
En annan allmän åklagare blev nu förordnad, och rättegången börjades åter 1762 med uppmaning åt Rutströms anklagare att skaffa fram flera vittnen. Sådana infunno sig ock med nya anteckningar, vilka, ehuru osammanhängande och varandra motsägande, togos för goda såsom bevisande, att D:r Rutström förkastat lagen, nekat bättringens nödvändighet samt vänt upp och ned på hela salighetens ordning. Häremot protesterade Rutström, bevisande ur protokollet, att några bland de avhörda vittnena, tjugu till antalet, och huvudsakligen präster och ståndspersoner, "lånt ideer av varandra, konfererat anteckningarna och endast som delatorer angivit, vad de icke själva hört", under det andra tagit på sin ed sådant, som vore i rak strid med vad de förra angivit o.s.v. För att närmare vederlägga alltsammans inlämnade Rutström nu sin predikan på Söndagen Septuagesima över "Guds godhet och stränghet", däruti han fullständigt utrett sin åsikt om lagens förhållande till evangelium, om trons till gärningarna, om nya födelsens till rättfärdiggörelsen och helgelsen (se pred n:o 6).
Denna i sanning förträffliga predikan blev genast av konsistorium formligen ogillad och förkastad samt såsom ett nytt uppslagsämne jämte dess egna anmärkningar till hovrätten inlämnad. Anmärkningarna äro sådana, att man knappt skulle kunna tro dem utgångna från en samling teologer i den protestantiska kristenheten. De falla i vissa delar uppenbarligen emot Guds ord och äro alltigenom icke annat än lumpna sofismer och advokatorier. Rutström vädjade nu till teologiska fakulteten i Köpenhamn, vilken fann samma predikan "ren, lärorik och uppbygglig". Emellertid inkommer D:r Abraham Pettersson såsom konsistoriefullmäktig till hovrätten med en protest mot avhörande av de vittnen, D:r Rutström å sin sida åberopat. De voro nämligen villfarande i sin tro och borde således först av konsistorium examineras, innan de fingo sina vittnesmål avgivna. Detta Petterssons oskickliga påstående lämnades dock av hovrätten utan avseende, och Rutströms vittnen fingo således företräde. Själv hade han icke låtit instämma mer än sju för tro, heder och samvete allmänt aktade män, vilka avgåvo varandra sin berättelse, enkel, redig och bestämd, över hans predikosätt; men med dessa förenade sig sedan ovannämnda sjuttio attestanter, som skriftligen intygade renlärigheten av hans predikningar. Icke långt därefter inkommo deputerade för femhundra av Ladugårdslands församlings ledamöter, som alla ville enhälligt bevittna den älskade lärarens "uppbyggliga lära och oförvitliga leverne." Vad betydde i själva verket mot dessa 577 personer de 4 ovannämnda angivarna jämte D:r Petterssons 20 "renläriga" vittnen? Det var dock svårt att förklara dem alla för "villfarande i sin tro", och ännu svårare skulle det väl blivit för konsistorium att examinera så många i kristendomen.
Emellertid hade vederbörande mod nog att åter framdriva de fyra arma kreatur, som alltjämt lånade sig till redskap åt deras numera nästan löjliga hämndbegär. Nu var det en predikan på tredje söndagen efter Trettondedagen år 1759 (se pred n:o 4) om "Guds folks andliga krankhet eller hälsa samt orsakerna därtill", som dessa funnit så betänklig, att de måste i konsistorium anklaga honom därför. Arbetet blev infordrat och av Rutström till konsistorium inlämnat. Ny åklagare och ny konsistoriefullmäktig tillsattes. Detta skedde 1763. Konsistoriefullmäktigen, en av Rutströms gamla avsvurna fiender, magister Stenbock, spelar en alltför egen roll i det rutströmska sorgespelet för att icke särskilt börja ihågkommas. I sin blinda och häftiga iver kom han att fara ut mot själva D:r Luther (vars uttryck Rutström citerat), beskyllande honom icke blott för "ovarsamhet och oförsiktighet" i vissa utlåtelser, utan också för "mörker och confusion" i själva rättfärdiggörelseläran. Därhän hade det således kommit i vårt kära fädernesland, att en av "ortodoxins" utkorade kämpar bryter staven över kyrkoreformationens hjälte och det i avseende på reformationens livsfråga, rättfärdiggörelsen. Vad under då, att allmänna åklagaren, v. advokatfiskalen Nordenhjelm, med en sådan konsistoriefullmäktig vid sidan kunde yrka, att den lutherskt sinnade D:r Rutström borde som en villoande och kättare mista ämbetet och landsförvisas? Detta förkom dock hovrätten väl starkt, och man drog sig något för att bifalla ett sådant slutpåstående.
Emellertid och för att fortskynda saken till en önsklig utgång vänder sig konsistorium till högvördiga prästeståndet med den föreställningen, att rutströmska målet borde under påstående riksdag genom prästeståndets benägna tillgörande befordras till ända. Högvördiga ståndet, alltid nitiskt för den rena läran och alltid bekymrat över tecken till liv och rörelse i kyrkan, skyndade att gå till konungen med anhållan om nådig föreskrift till hovrätten att ofördröjligen avgöra saken. Så föll den domen, att Rutström "skulle, icke på sådana skäl, som huvudakten och rannsakningsprotokollerna gåvo vid handen, utan i anseende till förekommande omständigheter, och emedan han två gånger tillförne varit suspenderad, från ämbetet tills vidare avsättas". De förekommande omständigheterna skulle bestå uti "sidvördnad och olydighet emot konsistorium, anstötliga utlåtelser, vårdslöshet uti predikoämbetets förrättning", med flera sådana förseelser, för vilka Rutström aldrig varit anklagad. Alla beskyllningarna hade nämligen rört hans lära och predikningar; ingenting hade blivit nämnt om hans leverne, liturgiska förrättningar eller förhållande emot förmän. Hovrättens suspensionsdom var således lika oformlig som förhastad. Det bekanta teologiska hatet (odium theologicum) var dock ännu icke mättat. Rutström borde i grund fördärvas. En sådan avfälling och svärmeande borde icke längre tålas i landet.
Dit kom det ock slutligen. Samma regering, som vid några föregående tillfällen tagit Rutström i beskydd och lämnat honom upprättelse för den smälek han lidit, fann nu för gott att, sedan hovrätten slutligen företagit huvudmålet och dömt Rutström förlustig tjänst och ämbete, år 1765 stadfästa denna dom och därjämte straffa honom med landsflykt. Detta utslag var dock ingalunda enhälligt. Några av rikets råd ville blott haft honom för längre tid suspenderad, efetersom han, utan att egentligen kunna anses hava gjort något avfall från den rena evangeliska läran, likväl åstadkommit oreda och bekymmer i församlingen. Andra dömde honom från tjänst och ämbete såsom genstörtig emot konsistorium och mindre sorgfällig i utövningen av sitt kall. En ledamot, baron Reuterholm, frikände honom alldeles, och blott en ringa majoritet fann honom böra jämte förlusten av tjänst och ämbete för alltid förvisas fäderneslandet. Baron Reuterholms votum i Riksrådets protokoll är för honom så hedrande, att ett utdrag därav här må intagas. Vad den första rättegången beträffade eller den angående Rutströms palmsöndagspredikan, fann Reuterholm den vara en fullkomlig "nullitet", enär konsistorium honom orättvist påbördat sådana felaktigheter, som icke genom vittnen blivit fulltygade. "Rörande de teologiska angivelserna samt konsistorii och Uppsala-fakultetens betänkanden, hade D:r Rutström så tydlig och solklart versifierat sina tankar och brukade talesätt ur den Heliga Skrift, de symboliska böckerna och Luthers såväl som andra för renlärighet och gudsfruktan godkända lärares skrifter, att hans drivna satser, om eljest de citerade acta publica och auctorer skola få hädanefter såsom hittills genom Uppsala mötes beslut och andra religionsförfattningar varda gällande, äro grundade i himlalärans renhet och helgd, och bör D:r Rutström sålunda frikallas från allt kätteri samt förklaras för helt och hållet renlärig." Däremot yrkade han, att både stadskonsistorium, allmänna åklagarna, fullmäktige och själva hovrätten skulle "fiscaliter anklagas och under tilltal ställas."
Så slutade den såkallade rutströmska religionsprocessen, som fortgått oavbrutet i nio samfällda åt och med ett mellanskov av endast fyra år omfattar hela den redliga och nitiska mannens ämbetsmannabana. Biltog och utplundrad på allt utom sin heder, sitt goda samvete och ett obegripligt tålamod, tog han sin tillflykt till Danmark och Tyskland, där hans förföljelse tillvunnit honom mycket beklagande, och levde där i gott förstånd och sämja med åtskilliga av den tidens bättre teologer och präster. I Hamburg vistades han i ett par års tid eller kanske något längre, därunder sysselsatt med studier och brevväxling med sina vänner i Sverige.
Så slutade den såkallade rutströmska religionsprocessen, som fortgått oavbrutet i nio samfällda åt och med ett mellanskov av endast fyra år omfattar hela den redliga och nitiska mannens ämbetsmannabana. Biltog och utplundrad på allt utom sin heder, sitt goda samvete och ett obegripligt tålamod, tog han sin tillflykt till Danmark och Tyskland, där hans förföljelse tillvunnit honom mycket beklagande, och levde där i gott förstånd och sämja med åtskilliga av den tidens bättre teologer och präster. I Hamburg vistades han i ett par års tid eller kanske något längre, därunder sysselsatt med studier och brevväxling med sina vänner i Sverige.
År 1768 utspriddes i Stockholm av Rutströms fiender, dessa hätska andar, som icke en gång kunde föredraga att han teg och förlät dem allt det onda, de mot honom förövat, ett vanhederligt rykte om hans förhållande i Hamburg. En av hans vänner där skulle nämligen hava testamenterat Rutström sin betydliga förmögenhet, och denne därefter medelst gift befordrat honom ur världen. I ett sändebrev till sina "kära vänner i Stockholm" måste han rättfärdiga sig från denna nedriga beskyllning. För att styrka den goda frejd han hade på ort och ställe, bifogade han D:r Evers, diakonus i Hamburg, mycket fördelaktiga intyg om både sin lära och vandel. Ryktet vederlades således snart och Rutström fick i allmänna omdömet den upprättelse hans heder krävde. Då Hattpartiet vid Norrköpings riksdag 1769 åter blev det rådande, kommo hans forna politiska vänner honom ihåg, så att han genom riksdagsbeslutet återkallades till fäderneslandet och fick tillbaka sina medborgerliga fri- och rättigheter. Han återvände även samma år, varpå konungen velat strax insätta honom ånyo på den plats han förut innehaft; men då stadskonsistorium och prostarna i Stockholm lade sig nästan enhälligt däremot, var konungen för svag att fullfölja sina vsikt. "D:r Rutström", hette det i prästerskapets ingivna betänkande, "haver ett sådant huvud, att han till allting dogse är", varför man önskade att Kungl. M:t ville begagna honom i statens tjänst. Inom kyrkans område borde han alltid aktas för fågelfri. Under det vederbörande således överlade om en lämplig plats för honom, kom döden emellan och bortryckte honom år 1772. Enligt Wieselgren i Sveriges Sköna Litteratur, del I, sid. 319, skall han hava dött i fängelset. Förmodligen hava prästerna förmått den "milde" konungen att dit inmana honom till gagn och nytta för den allmänna säkerheten.
Vad var det då som gjorde Rutström till en så farlig person? Vari bestod det rysliga kätteriet, varför han måste straffas med förlust av tjänst och ämbete, av fädernesland och frihet? Se här de tre huvudpunkterna, varomkring anklagelserna alltjämt vände sig: 1) att "syndernas förlåtelse föregår avlåtelsen i omvändelsens ordning", 2) att "syndernas förlåtelse, nämligen förvärvad, gives till innan man tror" och 3) att "Jesus Kristus i Guds ögon ansågs, nämligen imputative, såsom den endaste syndaren, då han för sitt folks missgärning plågad vart". Detta senare påstående hade i synnerhet väckt det ortodoxa prästerskapets och alla nattmössors fasa såsom "en djävlalära och en artikel i alla bovars teologi." Såsom Rutström förlät dessa "renläriga" teologer deras hätskhet i deras förföljelse mot hans person och deras bitterhet i sitt omdöme över hans skrifter, så låtom oss ock icke här nämna dem vid namn, utan lämna dem åt glömskan. Både Rutström och hans förföljare äro längesedan allesamman kallade inför hans domstol som rätt dömer, och hava där undfått dom. Eftervärlden har också fällt sitt domslut över dem båda, och däruti framstår Rutström såsom den trogne, nitiske och renlärige predikanten, som har undervisat många till salighet, och hans skrifter såsom med Guds ord i allo enligt och fulla av lärdom och tröst, av varning och förmaning, av salt och honung, av lag och evangelium, av synd och nåd. Måtte denne trogne väktare på Sions murar, vars namn för nära hundra år sedan förstummades i döden, men vars röst ännu ljuder så stark och manande inom det land, som stötte honom ifrån sig, måtte han med dessa sina predikningar uti Andens och kraftens bevisning bära till många hjärtan visdomen ovanefter till väckelse, till lärdom, till straff, till bättring, till tuktan i rättfärdighet, och sålunda skaffa mycken frukt till Guds rike. Med denna bön till Herren, sädens Herre, som lovat att hans ord icke skall återkomma fåfängt, utan framgång hava, överlämnas nu den kära korsdragarens lärorika predikningar i allmänhetens händer till ett flitigt bruk och mycken välsignelse.
Vad var det då som gjorde Rutström till en så farlig person? Vari bestod det rysliga kätteriet, varför han måste straffas med förlust av tjänst och ämbete, av fädernesland och frihet? Se här de tre huvudpunkterna, varomkring anklagelserna alltjämt vände sig: 1) att "syndernas förlåtelse föregår avlåtelsen i omvändelsens ordning", 2) att "syndernas förlåtelse, nämligen förvärvad, gives till innan man tror" och 3) att "Jesus Kristus i Guds ögon ansågs, nämligen imputative, såsom den endaste syndaren, då han för sitt folks missgärning plågad vart". Detta senare påstående hade i synnerhet väckt det ortodoxa prästerskapets och alla nattmössors fasa såsom "en djävlalära och en artikel i alla bovars teologi." Såsom Rutström förlät dessa "renläriga" teologer deras hätskhet i deras förföljelse mot hans person och deras bitterhet i sitt omdöme över hans skrifter, så låtom oss ock icke här nämna dem vid namn, utan lämna dem åt glömskan. Både Rutström och hans förföljare äro längesedan allesamman kallade inför hans domstol som rätt dömer, och hava där undfått dom. Eftervärlden har också fällt sitt domslut över dem båda, och däruti framstår Rutström såsom den trogne, nitiske och renlärige predikanten, som har undervisat många till salighet, och hans skrifter såsom med Guds ord i allo enligt och fulla av lärdom och tröst, av varning och förmaning, av salt och honung, av lag och evangelium, av synd och nåd. Måtte denne trogne väktare på Sions murar, vars namn för nära hundra år sedan förstummades i döden, men vars röst ännu ljuder så stark och manande inom det land, som stötte honom ifrån sig, måtte han med dessa sina predikningar uti Andens och kraftens bevisning bära till många hjärtan visdomen ovanefter till väckelse, till lärdom, till straff, till bättring, till tuktan i rättfärdighet, och sålunda skaffa mycken frukt till Guds rike. Med denna bön till Herren, sädens Herre, som lovat att hans ord icke skall återkomma fåfängt, utan framgång hava, överlämnas nu den kära korsdragarens lärorika predikningar i allmänhetens händer till ett flitigt bruk och mycken välsignelse.
